劉益昌教授目前為中央研究院歷史語言研究所研究員,合聘至國立暨南國際大學東南亞學系人類學組、成功大學歷史系擔任教授,並在政治大學、台北藝術大學等校擔任兼任教授,講授「考古學概論」、「台灣考古學」、「考古學田野方法與實習」、「考古學與文化資產」、「聚落考古學」等課程,並指導學生撰寫博碩士論文。
劉教授多年研究著述豐富,主要的興趣在於透過考古遺址的調查、發掘與研究,進行台灣史前文化層序的建立與檢討,理解台灣史前時代人類對於自然環境的互動與適應,探索史前時代人類移動的動力,同時究明史前時代文化與原住民族之間的關聯,延長台灣歷史的時間與空間。同時參與政府之各項審議及委員職務,主要包括文化部及地方政府之遺址、古物、文化景觀等文化資產審議委員,文化部世界遺產推動委員會委員,環保署環評委員,內政部國家公園計畫委員會委員等職務,協助推動文化資產保存。